ご質問の箇条書きに沿わない形となってしまい申し訳ありませんが、以下の通り回答させていただきます。
なお、CCPの公式見解は以下のとおりであり、私はあくまで一プレイヤーとしての経験を述べているだけにすぎませんのでその点をご了承ください。
Q1. 「オメガアカウント間でのキャラクター相互転送」は出来るのか?
A1. 出来ます。オメガアカウントに限らず今現在αになっているアカウントからも出来るはずです。
Q2. AからBにキャラクター転送手続きを行った場合にBのキャラクターはどうなるのか?
A2. キャラクターが転送された場合、まだキャラクターを作っていない空きキャラクタースロットに転送されます。したがって転送先のアカウントにすでに3キャラクターがいて空きスロットがない場合は転送できません。
Q3. BからAにもキャラクター転送を行いたいがこれの作業手数料の支払いは必要なのか?
A3. 作業手数料は1キャラクターを転送するごとに必要です。
Q4. 結局キャラクタートランスファー出来るの?
A4. 出来ません。
恐らくなのですがsaya氏が行いたいことは、
Aというアカウント内にTaro 01, Taro 02, Taro 03みたいな名前の3キャラクターが既にいて、
Bというアカウント内にJiro 02, Jiro 02, Jiro 03みたいな名前の3キャラクターが既にいると仮定すると、
Taro 03とJiro 03が所属しているアカウントを交換することだと推測しています。
この場合単純に1回の支払いでやりたいことを達成することは出来ません。
ただし疑似的にやる方法は存在しています。
例えばCというアカウントを新たに作成して、一旦Taro 03をCのアカウントに転送します。
そのあとJiro 03をAのアカウントに転送し、最後にTaro 03をBのアカウントに転送すれば3倍の値段はかかりますが一応やりたいことは出来るかと思います。